Terbitan pertama Jan adalah di bidang cari gila. Dia ikut dalam pengembaraan awal menjelajahi Palembang, Sumatera Selatan untuk mencari bukti keberadaan kerajaan Sriwijaya. Pengembaraan tersebut tidak menemukan apa yang dicarinya tetapi memberi ilham kepada ahli cari gali lain untuk melakukan penyelidikan.

Jan mencurahkan perhatiannya ke daerah-daerah di pinggiran Jawa. Selain sejarah pengerjaan logam di Sarawak, dia menulis rencana tentang prasasti Sanskrit di semenanjung Malaysia, dan prasasti Tamil di Sumatera, Thailand dan Cina yang masih menjadi terbitan utama. Meskipun sebahagian besar datanya berasal dari prasasti, dia selalu melihat melalui lensa wawasan yang dapat diberikan ke dalam masalah teori umum yang tenar di kalangan ahli cari gali sejarah Asia Tenggara, termasuk air dan pengairan, pola perdagangan, pola pemukiman dan barang tenun. Ketertarikannya pada kajian prasasti tidak terletak pada bahasanya tetapi pada integrasi tulisan dan barang tinggalan. Akibatnya, terbitannya sering dikutip oleh para pencari gali yang bekerja di semua bahagian Asia Tenggara.

Dia adalah sarjana yang sangat menjaga hubungan sesama rakan sejawat. Dalam tradisi kerjasama terbaik, dia sering mengedarkan draf awal karyanya untuk mengundang ulasan dan teguran. Beberapa sumbangan utamanya hanya diedarkan dalam bentuk draf. Salah satu contohnya ialah disertasi doktornya, "Pola perdagangan di Indonesia bagian barat: abad ke-9 hingga ke-13" (University of London, 1982). Dalam karya dua jilid ini, dia membahas zaman aneh dalam sejarah Indonesia. Meskipun sejarawan lama percaya bahawa kerajaan Sriwijaya terus ada setelah penjelajahan angkatan laut Chola dari India Selatan, semakin diterima bahawa perubahan tulisan dari Shili Foshi ke Sanfo qi menandakan pengakuan oleh Dinasti Song, China bahawa pusat-pusat kelautan Selat Melaka tidak membentuk kerajaan yang sangat terpusat, tetapi lebih mirip model mandala. Ibu kota Sriwijaya tidak berpindah ke Jambi; melainkan kerajaan Malayu, yang berpusat di Jambi, menjadi pusat baru mandala. Implikasinya masih diperdebatkan oleh para sejarawan dan ahli cari gali.

Zaman yang sama di Jawa ditandai dengan lenyapnya peradaban besar Jawa Tengah yang menciptakan tugu-tugu besar seperti Borobudur dan Prambanan. Hanya selang waktu 400 tahun, pembangunan tugu dan pemahatan patung-patung luhur dilanjutkan kembali, kali ini di Jawa Timur. Sumber utama untuk mempelajari zaman tidak bertuan di Jawa dan Bali ini ialah prasasti. Sebaliknya di Sumatera, terdapat kompleks candi bata besar di Padang Lawas dan Muara Jambi. Pelabuhan perdagangan yang ditandai dengan melimpahnya pecahan tembikar yang didagangkan dari China juga ditemukan di tapak-tapak Sumatera pada masa itu.

Sejarah zaman ini sulit untuk dibina semula. Disertasi Jan memberikan sintesis yang luar biasa dari prasasti dan bahan cari gali yang tersedia untuknya pada saat itu. Tema utama dalam disertasi ini, perdagangan dan ekonomi, memberikan gambaran tentang bagaimana Jawa dan Sumatera berkembang melalui jalur yang berlainan tetapi dalam kedua-dua kes, lembaga perdagangan tempatan dan jarak jauh terus berkembang pesat meskipun faktanya dua kerajaan utama yang terbentuk tumpuan sejarah Indonesia awal, Sriwijaya dan Mataram, kedua-duanya menghilang dan tampaknya digantikan oleh jaringan yang tidak berpusat.

Himpunan utama Jan lainnya yang tidak diterbitkan ialah 'draf konsultasi' berjudul "Daftar Prasasti Jawa dari 732 hingga 1060 M". Hal ini memperluas kajian prasastinya lebih jauh ke masa lalu untuk mencakup seluruh zaman prasasti dan seni 'klasik' di Jawa Tengah. Draf terjemahan yang difotokopi dari semua prasasti penting yang tersedia baginya ketika dia menyusunnya antara tahun 2000 dan 2004 merupakan bahagian yang cukup besar pekerjaannya serta menjadi sangat penting bagi kajian prasasti, sejarah, dan cari gali sejarah jika tersedia secara luas.